一、發酵床養殖的準備
1、發酵床在進行發酵時必須的條件是濕度（25-40%）和溫度（15-35度）。
2、生益益生源發酵床菌種處于干燥環境中進入休眠狀態，沒有活性不死亡。遇到水分溫度激活。
3、墊料原料選用，一般使用鋸末和稻殼各半混合做墊料。它對墊料原料種類的要求不嚴，可以是鋸末、稻殼、刨花、花生殼、玉米芯、玉米秸稈等等，可因地制宜采集原料，能降低成本。
4、發酵床鋪設操作，將墊料原料中均勻添加菌種，可在棚舍發酵池中直接制作，也可在舍外集中統一制作。
5、發酵床墊料厚度：豬60--80公分。雞40厘米，鴨40厘米。牛舍墊料層高度夏天為60cm左右，冬季為80-100cm.
6、發酵床要看飼養動物不同，水分多少，墊料厚薄度，翻動墊料。
7、發酵床使用壽命，是根據飼養動物不同，墊料厚薄度。原料等多種因素造成，一般使用2—5年。
二、發酵床養殖的具體操作方法
發酵床墊料主要分三層：
第一層，首先在最底層鋪一些玉米秸稈等，按每平方加入1公斤益生菌菌液均勻攪拌，水分掌握在30%左右（手握成團、一觸既散為宜）。
第二層，中間一層要鋪上稻草，然后在噴灑一遍益生菌液。
第三層，鋪上用益生菌噴灑后的粉碎的玉米秸稈，、充分混合攪拌均勻，邊噴灑，邊翻堆，直至拌均勻，在攪拌過程中，使墊料水份保持濕度（25-40%）（現場實踐是用手抓墊料來判斷，即物料用手捏緊后松開，感覺蓬松且無水分滲出較為適宜），將拌好的物料堆積成垛進行發酵。發酵床墊料發酵成功的標準：發酵好的墊料手感松軟，略帶酸香或清香味，有時會見到白色菌絲，溫度在30~40度左右。
最后，發酵好的墊料攤開鋪平，覆蓋上面整平，厚度約10cm左右，然后等待24小時方可使用。如畜禽在圈中跑動時，表層墊料太干，灰塵出現。說明墊料干燥，水分不夠，應根據情況噴灑些水分，因為整個發酵床中的墊料中存在大量的微生物菌群，通過微生物菌群的分解發酵，發酵床面一年四季始終保持在25度左右的溫度，為畜禽的健康生長提供了一個優良環境。